In SequenceTissue etablierte Methoden
RNA-Seq (RNA-Sequenzierung) ist eine leistungsstarke Methode zur Erfassung und Quantifizierung des Transkriptoms. Sie ermöglicht die Bestimmung der Genexpression, den Nachweis neuer Transkripte, Spleißvarianten und die Analyse nicht-kodierender RNAs. Im Rahmen von SequenceTissue nutzen wir die innovative Oxford Nanopore Technologie mit dem MinION Mk1D Sequenzierer.
Die Nanopore-Technologie basiert auf einem revolutionären Prinzip: DNA- oder RNA-Moleküle werden durch winzige biologische Poren geleitet, wobei charakteristische Änderungen des elektrischen Stroms gemessen werden. Jede der vier Basen (A, T, G, C) erzeugt ein einzigartiges Stromsignal, wodurch die Sequenz in Echtzeit bestimmt werden kann.
Vorteile der Nanopore-Technologie:
- Lange Reads: Bis zu mehrere Kilobasen pro Read
- Echtzeit-Sequenzierung: Sofortige Datenanalyse möglich
- Portabilität: Kompakte, USB-betriebene Geräte
- Direkte RNA-Sequenzierung: Ohne cDNA-Synthese möglich
Mögliche Anwendungsbereiche:
- Krebsforschung
- Immunologie
- Personalisierte Therapien
- Entwicklungsbiologie
Methoden in Entwicklung
Die Epigenomik erweitert unser Verständnis der Genregulation über die DNA-Sequenz hinaus. Sie erforscht chemische Modifikationen der DNA und Histone, die die Genexpression beeinflussen, ohne die zugrunde liegende DNA-Sequenz zu verändern. Bei SequenceTissue arbeiten wir an der Integration epigenomischer Analysen in unsere RNA-Seq-Pipeline, um ein vollständigeres Bild der Genregulation zu erhalten.
Zukünftige Möglichkeiten:
- Methylierung-Pattern-Analyse
- Chromatin-Accessibility-Studien
- Multi-Omics-Integration
Kooperationen:
SequenceTissue ist offen für Kooperationen im Bereich der Transkriptom-Analyse. Wir freuen uns auf den Austausch. Sie können uns auch gerne kontaktieren, wenn Sie einfach mehr über unsere Arbeit erfahren möchten.